实行理事会领导下的院长负责制，理事会将是研究院的决策机构。院长主持学术委员会和顾问会议。会议资金来源实行多元化，按课题需要聘请研究人员。学术委员会聘请经济界专业人士担任，负责选题、研究成果评审；聘请资深的跨领域、具有战略眼光的权威人士担任顾问，指导选题方向和成果评估。研究院本身则负责课题的确定、研究过程的管理，研究和辅助研究，专家联络协调，成果编辑、传播和分享等职能，并提供其他相关服务。
（一）根据国家经济、科技、社会发展和改革开放的需要，自立研究课题，撰写研究报告，向中央和地方政府提供政策建议，向社会发布研究成果；
（二）承接国内国外政府机构、企业社团、研究机构及其他组织委托的研究咨询项目，提供研究咨询报告、可行性研究报告、专题调查报告和信息资料；
（三）承接政府和企业委托，举办多种形式的研讨会、专题讲座、培训班；
（四）定期编辑制作每周述评、财经特报、政策评估报告等内部刊物，将有价值信息、意见汇编成册，通过各种媒体，送有关政府决策部门和有关单位及个人参阅；
（五）不定期召开学术委员和顾问内部研讨会，对国家宏观战略、财经领域中的焦点问题展开深度分析，就关注的热点问题进行观点沟通与交流。
